いろいろ試したけど、自分は下のようにするのが定番になってしまった。

配下にScene001などのフォルダをいれ、その中にSCENEやScriptをいれる。自分は2Dで作成することが多いため、画面ごとに分けていく方法が後々わかりやすくなってていい。

共通部分はcommonにいれる。

Scriptはできれば1Sceneにつき1つが自分は好きなんだが、部品ごとにScriptをつけたいことも多々あるので Scene001 の中に Script フォルダをつくり、そこにいれる。

基本的に共通のスクリプトはつくらないようにしている。シーンごとに完結するようにしている。